De nombreux lacs naturels et zones humides parsèment le territoire : lacs d'Etival, lac de la Fauge, Etang de la Penne, lac de Chanon, lac d'Antre, marais de la bourbe à Vouglans, zone humide de Crenans, lac de l'Assencière et zone humide Les leschères à Chatel de Joux.

L'avifaune est peu diversifiée, par contre la flore et l'entomofaune font la richesse de ces milieux dont les plus prestigieux sont les tourbières.

Les tourbières du Jura sont généralement situées au-dessus de 800 mètres d'altitude (étage montagnard). Jura Sud n'échappe pas à la règle avec les tourbières de Châtel de Joux, Les Crozets, et Etival (lacs d'Etival et de la Fauge). Les tourbières sont un type particulier de zone humide caractérisé par la présence de tourbe. C'est un écosystème saturé en eau et pauvre en éléments nutritifs.

Les tourbières de Jura Sud abritent de nombreuses espèces qui bénéficient d'une protection régionale ou nationale, telle que la grassette commune, la drosera à feuilles rondes, la laîche des bourbiers, le Thelypteris des marais (fougère), et des espèces peu courantes tel que le trèfle d'eau.

Les rivières : Bienne, Ain et leurs affluents

Rivières torrentueuses, le cours de l'Ain a été complètement modifié par la réalisation de barrages, tandis que la Bienne a gardé un caractère naturel avec une ripisylve assez riche. Des forêts alluviales se sont maintenues : saulaies ripicoles qui colonisent les alluvions, aulnaies marécageuses sur les sols engorgés, l'aulnaie frênaie à laiche sur les sols frais avec son aspect de forêt à hautes herbes.

Lacs de barrage :

Les lacs de Coiselet et de Vouglans, ont un intérêt ornithologique certain.
Cependant les fortes variations de niveau d'eau du lac de Vouglans limite les potentialités d'intallation d'espèces nicheuses.

On peut observer : la foulque macroule, le canard colvert, le cygne tuberculé (Coiselet), héron cendré, grand cormoran, goéland leucophé, grèbe huppé, le harle Bièvre, le grèbe castagneux, le fuligule morillon, la poule d'eau.